Licenciou-se em Medicina na Faculdade de Ciência Médicas da Universidade Nova de Lisboa, em 1986, e doutorou-se em Medicina na Universidade do Porto em 1999. A formação pós-graduada de João M. Frazão em Nefrologia ocorreu no West Los Angeles Veterans Affairs Medical Center, EUA, onde ganhou um estágio de investigação na seção de Nefrologia e na Universidade da Califórnia, Los Angeles (UCLA). Obteve a sua certificação em Medicina Interna e Nefrologia da American Board of Internal Medicine.

É membro de sociedades profissionais, incluindo a European Renal Association - Associação Europeia de Diálise e Transplante (ERA-EDTA), Sociedades Internacional de Nefrologia e Sociedade Portuguesas de Nefrologia. O Professor Frazão foi vice-presidente da Sociedade Portuguesa de Nefrologia entre 2003 e 2009. De junho de 2005 a Maio de 2008, foi membro eleito da direção da da ERA-EDTA. Foi premiado com o título de “Distinguished Fellow da European Renal Association-European Dialysis and Transplantation Association” em 2013. Fundador do grupo de trabalho ERA-EDTA CKD-MBD e consultor eleito deste grupo em janeiro de 2017. O Professor Frazão foi eleito pela Sociedade Portuguesa de Nefrologia, presidente do Congresso Anual Português de Nefrologia em 2017. Fez parte dos conselhos editoriais da revista “Nephrology Dialysis and Transplantion” durantemuitos anos até abril de 2017, e está no Conselho Editorial do “Journal of Nephrology”. Integrou o Conselho Editorial da Revista Portuguesa de Nefrologia e Hipertensão durante muitos anos, e mais recentemente tornou-se Editor Associado. As suas publicações incluem mais de 60 artigos em revistas científicas indexadas na área da doença mineral e óssea associada à doença renal crónica e 11 capítulos de livros de texto.